A citometria de fluxo com fluorescência (FFC, fluorescence flow cytometry) é utilizada para analisar as propriedades fisiológicas e químicas das células. Pode também ser usada para analisar outras partículas biológicas em analisadores de urina. Faculta:

Informação sobre o tamanho e estrutura celulares
Informação sobre o interior das células

Em citometria de fluxo, as células e partículas são examinadas enquanto fluem através de uma célula de fluxo muito estreita.

Em primeiro lugar, a amostra de sangue é aspirada e proporcionada; a amostra é então diluída de acordo com um fator pré-determinado e é marcada com um marcador fluorescente que se liga especificamente aos ácidos nucleicos.

A amostra é seguidamente transportada para a célula de fluxo. A amostra é iluminada por um laser semicondutor, que consegue separar as células utilizando três sinais diretos:

dispersão frontal de luz (forward scatter ou FSC)
dispersão lateral de luz (side scatter ou SSC)
fluorescência lateral (side fluorescence ou SFL).

A intensidade da dispersão frontal indica o volume celular. A dispersão lateral fornece informação sobre o conteúdo celular, como por exemplo, núcleos e grânulos. A fluorescência lateral indica a quantidade de ADN e ARN presente na célula.

Células com propriedades físico-químicas similares constituem um grupo num gráfico denominado diagrama de dispersão.

O princípio da citometria de fluxo com fluorescência é utilizado em diferentes analisadores para hematologia e análise urinária. Para as contagens de células sanguíneas utilizamos a citometria de fluxo com fluorescência, por exemplo, no caso da contagem diferencial de leucócitos e contagem de eritrócitos nucleados e reticulócitos.

Nos analisadores de urina, a tecnologia de fluorescência é também usada para a contagem de bactérias, eritrócitos, leucócitos e outros elementos.